Satzungsgemäß hat die Integrata-Stiftung drei Organe:
Der Vorstand initiiert und beaufsichtigt die Projekte der Stiftung. Dabei wird er vom Fachbeirat beraten. Der Vorstand ernennt die Projektleiter, die Mitglied in den Organen sein können oder ehrenamtliche Mitarbeiter von außerhalb der Stiftung.